氮代谢转录调控论文复现报告

Gaudinier et al. (2018) Transcriptional regulation of nitrogen-associated metabolism and growth

论文信息

组员

姓名 学号 GitHub
王家傲 2025303120130 @okbk130
窦佳艺 2025303110105 @doujiayi-2025
周奕楠 2025303120083 @pidan431
陈宇豪 2025303110108 @chenyuhaobio
毕嘉榆 2025303110101 @Bijiayu-yyds

可重现性总体评估

论文《Transcriptional regulation of nitrogen-associated metabolism and growth》发表在2018年的Nature杂志上，其原始数据处于文章末尾，分析代码在Github上发布。其可重现性总体上较好，但不同图件所对应的方法层级差异较大。

原文公开了 RNA-seq 数据的 accession（GSE107988），同时提供了 Supplementary Tables、R code 和 Cytoscape files，这使得结果复核、网络再导出以及部分统计图重建成为可能。尤其对于基于补充表的 Figure 5a、Figure 5b/c，可以较直接地依赖表格数据完成再统计和再绘图。

但从实际操作方面看，Fig. 1a、1b、4a 的”完全复现”并不只是绘图问题，而涉及增强型酵母单杂（Y1H）筛选、公开氮响应转录组数据整合、TF–target 相关性分析、NeCORR 排名、Gini 相关显著性分析以及 Cytoscape 网络可视化等多个步骤。

各图重现难度概览

图件 内容 难度 复现方式
Figure 1a TF–promoter 互作网络 较高 从原作者仓库导出 Cytoscape 网络
Figure 1b 硝酸同化子网络 较高 从原作者仓库导出子网络
Figure 4a 硝酸响应调控网络 高 从原作者仓库导出整合网络
Figure 5a 差异表达基因统计 中等 从 SupplementalTable16 重建
Figure 5b/c 转录反馈热图 中等偏上 从 SupplementalTable16 重建