固氮生物多样性与气候变化文献复现

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论文信息

• 题目: Climate change drives declines in nitrogen-fixing biodiversity
• 期刊: Nature Communications
• 数据源: https://doi.org/10.24433/CO.9682287.v2

研究背景

本项目利用 R 语言对 Nature Communications 论文中的图片进行复现，验证气候变化对固氮生物多样性的影响。

复现方法

1. 从数据源下载必要的数据
2. 安装 R 数据分析所需的包（data.table、UpSetR、ggplot2、patchwork、readxl 等）
3. 本地化处理，将源代码中的路径改成相对路径
4. 优化代码，使其更加贴近原图

复现结果

Figure 1a — UpSet 图

展示固氮基因（nifH、nifD、nifK 等）在不同基因组中的分布。

Figure 1a 复现结果

Figure 1c — 堆叠条形图

展示各门固氮基因组的分布和比例。

Figure 1c 复现结果

原文图片对比

图表	原文	复现结果
Figure 1a	UpSet 图，展示 nif 基因分布	✅ 主体部分与原图一致
Figure 1c	堆叠条形图，展示门水平分布	✅ 主体部分与原图一致

代码结构

数据复现/
├── code/
│   ├── Figure1a.R          # Figure 1a 复现代码
│   ├── Figure1c.R          # Figure 1c 复现代码
│   ├── Figure2a.R          # Figure 2a 复现代码
│   ├── Figure2c.R          # Figure 2c 复现代码
│   ├── Figure3.R           # Figure 3 复现代码
│   ├── Figure4.R           # Figure 4 复现代码
│   └── ...                 # 其他补充图复现代码
├── review/
│   ├── Figure_1a.png       # 复现结果
│   └── Figure_1c.png       # 复现结果
├── sourcedata/             # 原始数据
└── Figure *.pdf            # 原文图片

结论

本次复现完成了 Figure 1a 和 Figure 1c 的绘制，在图的主体部分与原图一致，但在细节上略有差异。作为数据复现来说已符合要求。该研究使用公开宏基因组数据和开源代码进行分析，环境配置简单，具有较高的可重复性。