早期多重微量营养素缺乏对小鼠肠道菌群的影响 — Figure 1 复现

1 项目简介

本项目复现发表于 Nature Microbiology 的论文 Figure 1，系统展示不同饮食处理（CON 对照组 vs LM 实验组）在不同时间点（Day 0 和 Day 28）对小鼠肠道菌群的影响。

1.1 论文信息

• 题目: Multiple micronutrient deficiencies in early life cause multi-kingdom alterations in the gut microbiome and intrinsic antibiotic resistance genes in mice
• 期刊: Nature Microbiology
• DOI: 10.1038/s41564-023-01519-3

1.2 复现内容

子图	分析内容	方法
Fig 1c	细菌门水平组成堆叠图	堆叠柱状图 + 分面
Fig 1d	Shannon 多样性指数	箱线图 + Wilcoxon 检验
Fig 1e	Bray-Curtis Beta 多样性	NMDS 排序图 + 置信椭圆

1.3 实验设计

• 分组：CON（对照饮食）vs LM（实验饮食）
• 时间点：Day 0（基线）和 Day 28（处理后）
• 样本：每组多个小鼠个体
• 测序：16S rRNA 基因测序

1.4 数据来源

分析数据来源于论文附件的 Excel 文件：

• fig1c.xlsx — Fig 1c 门水平丰度数据
• fig1d.xlsx — Fig 1d Shannon 多样性数据
• Source Data Fig 1.xlsx — Fig 1e NMDS 坐标数据

1.5 分析工具

• R 语言 + tidyverse（数据处理）
• ggplot2（可视化）
• readxl（Excel 读取）
• ggpubr（统计检验标注）

1.6 小组成员

姓名	学号	GitHub	负责内容
刘卓益	2025303110003	(Lzy-NICE?)	Fig 1b（组长）
李俊杰	2025303120105	(lijj2k?)	Fig 1c
朱烁龙	2025303120103	(DragonBron23?)	Fig 1d
高心灵	2025303120157	(gaoxinling?)	Fig 1e
章靖	2025303110106	(zh-ang-jing?)	Fig 1f