合成芽孢杆菌菌群社会互作促进植物生长复现
Bacterial social interactions in synthetic Bacillus consortia enhance plant growth
0.1 论文信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 论文标题 | Bacterial social interactions in synthetic Bacillus consortia enhance plant growth |
| 期刊 | iMeta (2025) |
| DOI | 10.1186/s40168-021-01103-0 |
| 复现语言 | R 4.x |
0.2 团队成员
| 姓名 | 学号 |
|---|---|
| 韦荣耀 | 2025303120153 |
| 赵甜甜 | 2025303120144 |
| 马微 | 2025303120060 |
| 张一鸣 | 2025303120095 |
0.3 项目简介
本项目基于 2025 年发表于 iMeta 杂志的科研成果进行复现研究。核心科学问题是探索不同亲缘关系的芽孢杆菌如何通过社会互作（Social Interactions）组装成合成菌群（SynComs），以及这些互作如何协同促进黄瓜生长。
0.3.1 复现基础
- 数据公开：测序数据已托管至 NCBI (PRJNA879238, PRJNA1248407)
- 代码透明：原始分析脚本已在 GitHub 开源
- 逻辑严密：涵盖从数据标准化到高级统计绘图的全流程
0.4 分析内容
本复现项目包含以下核心分析：
- 16S rRNA 细菌群落多样性分析 — Shannon 指数评估 α-多样性
- gyrA 功能基因多样性分析 — 特定功能基因的多样性
- Biolog 代谢功能分析 — PCA 降维评估碳源利用谱差异
- 植物生长指标分析 — 株高和干重的统计分析
0.5 核心发现
- 环境驱动：土壤背景（NS 与 SS）是决定细菌多样性的基础因素
- 管理干预：SQR9 的添加改变了原有的群落平衡
- 社会互作：不同亲缘关系的芽孢杆菌通过社会互作协同促进植物生长
0.6 项目仓库
- 分析代码：
all qmd/— 核心分析文档 - 数据：
Figure 2/,Figure 4/,Figure 5/— 各图相关脚本与中间数据 - 输出：
output/— 可视化结果 - 环境：
renv.lock— R 依赖版本锁定文件