大豆土壤微生物群繁殖复现报告
论文信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 论文标题 | Dynamic root microbiome sustains soybean productivity under unbalanced fertilization |
| 期刊 | Nature Communications, 2024 |
| DOI | 10.1038/s41467-024-45925-5 |
| 数据与代码 | GitHub: mxwang2016/Soybean |
研究背景
该研究关注长期不平衡施肥条件下，大豆根际和根内微生物群落如何动态变化，并与大豆生产力维持相关。论文使用定量微生物谱（QMP）比较 bulk soil、rhizosphere 和 root endosphere 三个生态位在不同发育时期的细菌多样性、菌量和群落组成。
复现对象：论文 Fig. 2 的 alpha diversity、beta diversity；Fig. 3 的绝对菌量和门水平相对丰度组成。
研究内容
本报告包含以下三个方面的分析：
- 群落组成分析 — 不同处理下土壤微生物门水平的相对丰度和绝对丰度（对应论文 Fig. 3）
- 多样性分析 — Shannon 指数和 PCoA 分析（对应论文 Fig. 2A-F）
- 生物量分析 — 不同处理下微生物绝对丰度的变化（对应论文 Fig. 3A-C 上半部分）
数据说明
| 类别 | 说明 |
|---|---|
| 处理组 | Ctrl（对照）、-N（缺氮）、-P（缺磷）、-K（缺钾） |
| 生长阶段 | D0、D1、D4、D7、D14、D28、D42、D60、D72（发芽后天数） |
| 生态位 | BS（Bulk Soil，散装土壤）、R（Rhizosphere，根际）、RS（Root Endosphere，根表） |
数据来自作者 GitHub 仓库 mxwang2016/Soybean，rawdata.zip 包含复现所需的处理后表格。
复现环境
- R 版本：4.4.2
- 主要依赖包：vegan、ggplot2、reshape2、rstatix、agricolae、Rmisc
- 构建工具：Quarto